Район образован 20 августа 1930 года в результате реорганизации Бирского кантона, когда, согласно постановлению президиума ВЦИК, было ликвидировано разделение Башкирской АССР на кантоны и образовано 48 районов.
Согласно Всероссийской переписи населения 2010 года: марийцы — 71,5 %, татары — 16 %, русские — 7,1 %, башкиры — 4,9 %, лица других национальностей — 0,5 %.
По итогам переписи населения 2020 года проживали следующие национальности (национальности менее 0,1 % и другое см. в сноске к строке «Другие»).
В Мишкинский район как административно-территориальную единицу республики входит 14 сельсоветов.
С 2004 года в Мишкинском муниципальном районе 77 населённых пунктов в составе 14 сельских поселений.